TUTORIAL APLIKASI CHEMDRAW DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

Chemdraw merupakan software kimia dari produk Cabridgesoft.inc. ChemDraw memiliki banyak fungsi, diantaranya membuat nama dan struktur senyawa,. membuat struktur streokimia dengan benar dari nama kimia, dan mendapatkan nama IUPAC dengan akurat dari struktur. Perkiraan spektra NMR dari struktur suatu senyawa dengan atom langsung dengan korelasi spektral. Selain itu, ChemDraw dilengkapi dengan peringatan jika terjadi kesalahan dalam pembuatan struktur kimia. Peringatan tersebut biasanya berwarna merah dan mengelilingi bagian struktur yang salah.

Setelah berhasil melakukan installasi ChemDraw 11 maka pada PC akan terlihat program baru yang bernama ChemBioOffice 2008 yang di dalamnya terdapat ChemDraw Ultra 11.0. Klik ChemDraw Ultra 11 maka akan tampil gambar sebagai berikut:

Misalnya ingin mengetahui nama struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃

Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1. Buat struktur senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ pada lembar ChemDraw.
2. Pilih structure pada bagian toolbar.
3. Pilih structure convert to name.
4. Setelah itu nama dari senyawa CH₃CHOHCH₂CH₃ akan muncul seperti gambar dibawah ini.

Sebaliknya ChemDraw juga dapat menggambarkan struktur suatu senyawa dari nama senyawa tersebut. Langkah-langkahnya adalah sebagai berikut :

1. Tulis nama suatu senyawa pada lembar ChemDraw.
2. Pilih structure pada bagian toolbar.
3. Pilih name convert to structure sesuai (IUPAC).

Bagaimana??

Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »

TUTORIAL APLIKASI GCHEMPAINT DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

GChempaint (kimia Editor struktur 2D untuk desktop GNOME2) GChempait adalah aplikasi untuk yg mirip Artikel Baru Xdrawchem, namun ditambah kemampuannya untuk membuat dokumen dengan berbagai antarmuka. Gambar berbagai molekul hasil dari GChempaint ini dapat disearch pada NIST Webbook dan PubChem.

GChempaint memiliki tools seperti di bawah ini:

Anda dapat berkreasi sepuasnya dengan tools tersebut.

Bagaimana??

Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »

TUTORIAL APLIKASI GDPC DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

GDPC adalah program untuk memvisualisasikan simulasi dinamika molekul, ini adalah program yang sangat fleksibel dan dapat dengan mudah digunakan untuk tujuan lain. gdpc membaca xyz masukan dan adat format dan dapat menulis gambar dari frame.

Changelog:

2.2.5: Kecil kode pembersihan

• Simbol usang diperbarui dalam GTK + 2.16.
• Diperbarui Makefile dan file spesifikasi, disumbangkan oleh Jussi Lehtola.

2.2.4: Peningkatan fitur kecil

• Resize jendela utama juga mengubah ukuran viewport.

2.2.3.1: Peningkatan fitur kecil

• Parameter yang benar untuk mendapatkan rotasi mulus dan diminimalkan penundaan antara frame.

2.2.3: Peningkatan fitur kecil

• Meningkatkan interaktivitas selama animasi (itu harus benar sekarang, sekali dan untuk semua).
• Ditambahkan sekali dan parameter commandline memutar (disumbangkan oleh Santeri Paavolainen).
• Kebocoran memori dan misc lainnya. bug tetap (termasuk kontribusi oleh Santeri Paavolainen).

2.2.2: Peningkatan fitur kecil

• Meningkatkan interaktivitas selama animasi.

2.2.1: Bug perbaikan

• Membuat rotasi berperilaku baik. Hal ini telah rusak sejak pertama kali diperkenalkan.
• Hapus beberapa printfs debuging kelebihan.
• Memperbaiki kecil dari Makefile untuk meningkatkan generasi rpm.

2.2.0: Porting ke gtk + 2.2

• G3data porting ke gtk + 2.2.
• Semua fungsi usang dihapus.
• Ditambahkan kemungkinan untuk menekan tombol ruang untuk 'bsleep' pilihan.

2.1.2: Ditambahkan fungsi

• Ditambahkan 'bsleep' parameter yang memungkinkan pengguna untuk mengubah frame dengan menekan mousebutton tengah.
• Dihapus editability dari entri teks.

2.1.1: Sentuhan akhir pada port untuk gtk + 2.0

• Semua fungsi usang yang tersisa dari gtk + 1.x telah diganti dengan fungsi baru gtk + 2.0.
• Gtk resmi + 2.0 rilis stabil.

2.00 Mayor rilis stabil: perbaikan bug minor.

• Tetap beberapa bug minor berputar.

2.00pre2 (pembangunan): Perbaikan bug.

• Tetap semaphore inisialisasi bug. Thread bisa meninggalkan menunggu semaphore yang tidak pernah berubah.
• Tetap potensi buffer overflow bug serius dan beberapa.
• Tetap beberapa bug minor.

Download:

Terbaru gtk + 2.16 compliant versi:

• gdpc 2.2.5 Sumber (2448 KB)
• gdpc 2.2.5 x86_64 RPM dibangun di Fedora 11 (2429 KB)
• gdpc 2.2.5 Sumber RPM (2353 KB)

Masalah yang diketahui: Tak satupun

Jendela Setup untuk gdpc, jendela ini secara otomatis muncul jika tidak ada parameter commandline dilewatkan ke program.

Aksi inilah yang gdpc tampak seperti ketika menghidupkan simulasi dinamika molekul. Animasi khusus ini adalah bagian cair dari Silicon setelah satu atom Si diberi energi kinetik dari 1 keV.

Bagaimana??

Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »

TUTORIAL APLIKASI GDIS DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur sebagai berikut:

• Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
• Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
• Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
• Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
• Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
• Pola difraksi generasi dan merencanakan.
• Animasi multi-frame file.
• Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. Disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H₂O) dengan aplikasi ini. Adapun langkah-langkahnya sebagai berikut.

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru,

Pada kolom model pilih model : editing,

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Add atoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilih Display pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda. :)

Menggunakan Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikon measurements. Maka akan muncul tampilan seperti berikut :

Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka pada label list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.

Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation maka akan muncul tampilan berikut :

Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikonAnimation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar.. :)

Bagaimana??

Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »

TUTORIAL APLIKASI BKChem DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

BKChem adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.

Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul, definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).

BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset). BkChem diterjemahkan dalam bahasa Inggris, Perancis, Ceko, Polandia, Jerman dan terjemahan Tradisional Cina.

1. Buka aplikasi Bkchem

There are 5 main sections: Main menu, Action menu, Text line with its buttons, Drawing section and Status bar section.

Nanti akan muncul tampilan seperti ini: :) 

2. A square at the end of a bond indicates possibility of joining another bond, or typing chemical formula on keyboard, which is then placed instead of a square.

3. One of the basic functions of every program-UNDO, is available in edit menu or by CTRL-Z shortcut.

4.  After choosing object-scale, you can change a size of an object. Three useful options are available.

5. There´s a bond symbol in action menu, but a bond could be drawn several ways. Colour squares   indicates:Green:Angle between 2 bonds; Red:bond order; Blue:Style; Yellow:Fixed/Nonfixed length.

6. These are the basic shortcuts, it will be usable in almost every / every editor.

Bagaimana??

Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »

TUTORIAL APLIKASI KALZIUM DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

Kalzium adalah aplikasi kimia yang digunakan dalam linux yang berisi informasi tentang karakteristik dari unsur-unsur kimia dalam tabel periodik seperti nomor massa, nomor atom, energi, model atom, energy ionisasi, dan semua yang menjadi karakteristik dari suatu unsur tersebut.

Tampilannya sebagai berikut:

Kalzium dapat menampilakan berbagai bentuk dari Periodic Table, caranya pertama memilih icon yang berisikan pilihan Classic, Short, Long, Transition, atau juga DZ Periodik Table.

Disini saya memilih tampilan Long Periodic Table, selain itu kita juga bisa menggunakan fitur Scheme untuk memilih tampilan dari periodic table, seperti pilihan Icon yang disertai dengan gambar contoh dalam kehidupan.

Selain itu kita juga dapat memilih fitur Gradient yang dapat menampilkan gradiasi warna dari Periodic Table tersebut.

Bagi anda yang ingin mengetahui melting point, boiling point, dlldapat melihatnya dengan mengklik salah satu unsur yang dikehendaki.Disini saya mencoba untuk melihat karakteristik dari unsur Li :

Untuk melihat model atomnya dengan cara klik atom model, seperti berikut :

Kita bisa melihat unsur-unsur lain hanya dengan cara klik icon pilihan Previous :

Jika anda mengetahui manfaat lebih dari aplikasi kimia ini kita bisa memilih fitur tool Plot Data. 

Untuk menuju tool Plot Data, klik menu Tool dan  pilih Plot Data.Pada tool  ini dapat dilakukan pem-plot-an antara sumbu X dan Y (dalam sebuah grafik) beberapa sifat periodik unsur untuk melihat kecenderungan suatu unsur.

Bagian sumbu X dan Y terdapat nomor atom (Atomic Number), massa atom (Mass), elektronegatifitas (Electronegativity), titik lebur (Melting Point), titik didih (Boiling Point), jari-jari atom (Atomic Radius), dan jari-jari kovalen (Covalent Radius).

Sebelum melakukan pem-plot-an tentukan terlebih dahulu First element dan Last element dengan mengetikan angka atau menekan tanda panah atas-bawah. Atur juga bagian Display (Tampilan), apakah kita ingin menampilkan label (nama unsur atau simbol unsur) pada titik-titikplot atau dibiarkan kosong tanpa label.

Pokok bahasan yang bisa memanfaatkan Plot Data ini antara lain:

• Sistem periodik unsur (sifat periodik unsur). Di sini kita bisa mempelajari tentang berbagai kecenderungan unsur dengan naiknya nomor atom, atau dalam jenis unsur tertentu (logam-non logam, masing-masing blok, golongan).

• Ikatan kimia (ikatan ion, ikatan kovalen, ikatan logam). Bahasan ikatan kimia bisa memanfaatkan data elektronegativitas untuk menentukan kemungkinan suatu unsur membentuk ikatan dengan unsur lainnya. Apakah mereka akan membentuk ikatan ion, ikatan kovalen, atau ikatan logam.

• Kimia unsur (kelimpahan unsur). Beberapa karakteristik unsur juga bisa dipelajari dengan menggunakan plot data Kalzium ini.

• Pokok bahasan lain yang memerlukan plot data unsur-unsur.

Bagaimana??
Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »

TUTORIAL APLIKASI PYMOL DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

PyMOL merupakan sistem molekul grafis dengan tertanam interpreter Python yang dirancang untuk visualisasi real-time dan cepat generasi grafis molekul berkualitas tinggi gambar dan animasi. Itu juga dapat melakukan banyak tugas-tugas berharga lain (seperti mengedit file PDB) untuk membantu Anda dalam penelitian Anda.

Dengan menggunakan aplikasi ini kita akan dengan mudah mengetahui bentuk      molekul, Van der Walls radius, hingga mesh yang dimiliki  oleh suatu molekul.

Adapun caranya sebagai berikut:

Pertama kita harus membuka aplikasinya, akan muncul 2 tampilan yaitu Molecular Graphic System dan Pymol Viewer.

Klik toolbar build pada Molecular Graphic System , akan muncul banyak pilihan, missal kita pilih fitur Residue → Alanine.

Kemudian apabila anda ingin mengubah-ubah tampilnnya kita bisa memilih fitur-fitur yang ada di sebelah kanan, untuk mengetahui formal charge kita bisa pilih fitur L-toolbar → other properties →formal charge.

Jika ingin mengetahui Van der Walls radius tinggal pilih L-toolbar → vdw radius.

Untuk mengetahui symbols pilih L-toolbar → element symbol.

Lalu pilih S-toolbar → dots.

Dan kemudian jika ingin mengetahui mesh dan surface pilih S-toolbar→ mesh dan S-toolbar → surface.

Selanjutnya view dan kemudian Orient.

Bagaimana??

Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »

TUTORIAL APLIKASI JMOL DALAM PEMBELAJARAN KIMIA

Jmol adalah aplikasi kimia yang digunakan di linux yang memungkinkan kita untuk membuat animasi senyawa-senyawa kimia sehingga dapat memudahkan kita dalam pembelajaran kimia. Kimia merupakan materi yang banyak berhubungan dengan mengkhayal, maksudnya mengkhayal bentuk-bentuk moleku, oleh karena itu kita butuh aplikasi yang dapat memvisualisasikannya sehingga lebih mudah untuk dipelajari.

Berikut tampilan awalnya:

Untuk lebih mudah kita langsung mengaplikasikannya saja yukk,J

Disini saya akan membuat molekul sederhana pentana yang pastinya teman-teman semua tahu tentang molekul ini, pertama kita hanya klik icon berwarna biru putih di tampilan seperti di atas sebanyak yang kita inginkan, disini saya klik sebanyak 5 kali.

Jika kita ingin megubah salah satu atomnya untuk menjadi molekul lain kita hanya tinggal klik kanan pada molekul tersebut, kemudian klik icon paling atas dan pilih sesuai dengan yang dikehendaki, disini akan mengubahnya menjadi klorobutana :

Kita juga dapat memutar molekul tersebut agar terlihat dari sisi mana saja dengan menu icon yang berwarna hijau seperti di bawah ini :

Anda juga dapat melihatnya dengan tampilan yang menarik dengan mengubahnya ke bentuk Van der Walls surface, caranya hanya dengan klik kanan pada layar tersebut → surface → Van der walls surface.

Selain itu kita juga dapat membuat molekul tersebut berputar sesuai arah spinnya, dengan cara klik kanan kemudian pilih spin dan kemudian klik on, tampilannya seperti di bawah ini :

Kita juga dapat melihat tampilannya dalam bentuk molekuler surface dengan cara klik kanan kemudian surface dan pilih molekuler surface :

Apabila anda ingin melihat molekul lengkap dengan sumbunya maka anda hanya tinggal klik display kemudian Axes :

Selain itu kita juga dapat mengetahui nama, ataupun simbol dari molekul tersebut dengan klik display dan kemudian atom, setelah itu pilih sesuai keinginan teman-teman semua.

Bagaimana??

Tertarik untuk mencoba?

Selamat mencoba kawan...:)

Baca Selengkapnya »